Thời gian đầu, người ta làm món trứng Bách Thảo bằng cách ngâm trứng trong hỗn hợp bùn nhão được làm từ đất sét kiềm và nước nhằm duy trì thời gian ủ trứng lâu nhất. Lớp vỏ đất sét cứng bao bọc quanh trứng có tác dụng ngăn ngừa vi khuẩn xâm nhập. Sau này, ngoài sử dụng đất sét, người Trung Quốc còn sử dụng tro gỗ, vôi tôi, muối, hỗn hợp này có nồng độ PH và Natri, giúp thúc đẩy quá trình bảo quản của trứng Bách Thảo. Một kinh nghiệm khác là người ta dùng một hỗn hợp gồm 300gr bột trà xanh, 300gr bột vôi tôi, 900gr bột muối biển, 700gr bột tro gỗ (than gỗ sồi) pha với nước đun sôi tạo thành một dạng bùn nhão, phết lên bề mặt của trứng Bách Thảo. Công đoạn phết bột nguyên liệu lên bề mặt trứng chủ yếu là làm bằng tay, hỗn hợp bột này có tác dụng phòng ngừa sự ăn mòn của vôi tôi trên bề mặt vỏ trứng. Sau đó lăn trứng qua một lớp mỏng bột vỏ trấu để hỗn hợp bện chặt vào nhau rồi cho trứng vào vại hoặc sọt bằng lụa để bảo quản. Trong khoảng 3 tháng, hỗn hợp bùn nhão sẽ tự động khô lại, lúc này trứng đã có thể dùng được. Công thức này có thể áp dụng để ủ từ 100 đến 150 quả. Ngay cả khi những phương pháp làm trứng Bách Thảo theo kiểu truyền thống được phổ biến thì vẫn xuất hiện các phương pháp ủ trứng theo kiểu hiện đại. Ví dụ, người ta có thể ngâm trứng trong dung dịch các chất như nước muối và dung dịch kiềm để ủ trứng từ 10 ngày đến khoảng một vài tuần; để chống quá trình lão hóa, người ta còn dùng các túi nylon phủ mặt ngoài trứng để bảo quản. Tuy nhiên, người tiêu dùng đang tranh cãi về kinh nghiệm sử dụng các loại bột trà khác nhau, tro gỗ, và các loại đất sét địa phương sẽ tạo cho trứng Bách Thảo có những hương vị lạ đặc trưng riêng biệt.