Khi dùng thuốc cần lưu ý và đề phòng với những tác dụng độc không mong muốn do thuốc gây ra. Có khoảng 10% người bệnh dùng thuốc gặp các tác dụng phụ này. Hay gặp nhất xảy ra ở đường tiêu hóa với các triệu chứng buồn nôn, nôn, tiêu chảy. Các phản ứng trên da như ngoại ban, ngứa, mụn phỏng cũng xảy ra ở khoảng 2% người bệnh dùng thuốc. Các biểu hiện trên thường nhẹ nhưng trên thực tế cũng có những trường hợp xảy ra hội chứng nhiễm độc da rất nặng có thể gây tử vong như hội chứng Lyell.

Khi dùng co-trimoxazol người bệnh dễ bị thiếu hụt acid folic (đặc biệt ở người bệnh cao tuổi và khi dùng thuốc liều cao dài ngày). Thuốc có thể gây thiếu máu tan huyết ở những người thiếu hụt G-6PD. Để khắc phục tình trạng này có thể bổ sung thêm acid folic mà không làm giảm tác dụng kháng khuẩn của thuốc. Khi uống thuốc người bệnh cần phải uống với nhiều nước (tối thiểu là 1 cốc nước 200ml) để tránh thuốc kết tinh thành sỏi. Không phơi nắng trong thời gian uống thuốc để tránh phản ứng mẫn cảm ánh sáng.

Không được dùng thuốc cho người bệnh đã xác định bị thiếu máu nguyên hồng cầu khổng lồ hoặc người bệnh bị bệnh gan nặng vì có thể viêm gan nhiễm độc. Trẻ em dưới 2 tuổi cũng không được dùng thuốc này.

Thuốc có thể gây vàng da trẻ em thời kỳ chu sinh và cản trở chuyển hóa acid folic. Vì thế, chỉ dùng lúc mang thai khi thật cần thiết. Nếu cần phải dùng thuốc trong thời kỳ mang thai, điều quan trọng là phải dùng thêm acid folic. Thời kỳ cho con bú không được dùng  vì trẻ sơ sinh rất nhạy cảm với tác dụng độc của thuốc.