Bệnh phấn trắng trên tôm sú thường xuất hiện lúc 2-3 tháng sau khi nuôi, một số ao nuôi được 50 ngày cũng vẫn xảy ra bệnh này. Nguyên nhân gây ra bệnh phấn trắng hiện chưa được xác định rõ và có nhiều ý kiến khác nhau về vấn đề này. Theo ý kiến của một số chuyên gia thì bệnh phấn trắng do nhiều tác nhân gây ra. Có ý kiến cho rằng bệnh phấn trắng là nguyên sinh động vật Gregarine (thuộc lớp trùng 2 tế bào Eugregarinida) gây tổn thương thành ruột, dạ dày tạo điều kiện cho nhóm vi khuẩn Vibrio gây hoại tử thành ruột tạo nên các đốm trắng hay vàng nhạt trên thành ruột. Tuy nhiên, đối với nhóm Gregarine gây bệnh cho giáp xác trong vòng đời chúng phải có một giai đoạn ký sinh trên ký chủ trung gian là các nhuyễn thể 2 mảnh vỏ (hến, nghêu, sò...) hay giun đất. Điều này cũng được ghi nhận tại một số ao nuôi tôm công nghiệp thường được người nuôi cho ăn hến sống và đã mắc bệnh này.

Triệu chứng thành ruột tôm có màu vàng nhạt còn liên quan đến bệnh xuất huyết ruột ở tôm (Haemocytis enteritis). Bệnh này do các chất độc tố của tảo gây ra. Khi tôm ăn phải tảo độc, các chất này sẽ phá vỡ tế bào ngoài của thành ruột và manh tràng của tôm gây ra các vết viêm tấy nặng và có thể ảnh hưởng đến khối gan tụy của tôm. Nếu bội nhiễm trên nhóm vi khuẩn Vibrio sẽ có thể gây chết tôm. Khi tôm bị bệnh phấn trắng thường giảm ăn (đến 80%), kiểm tra đường ruột thấy thức ăn không đầy, đứt đoạn hoặc trống rỗng, có những chấm màu trắng hoặc vàng nhạt, khối gan tụy teo nhỏ. Tôm bị bệnh nặng sẽ teo cơ và chết rải rác. Quan sát kỹ thấy những đoạn phấn trắng xuất hiện trên mặt nước ao, ban đầu vài ba sợi, những ngày sau tăng dần và thường gặp phía cuối gió.

Để phòng bệnh phấn trắng, người nuôi cần kiểm tra chất lượng con giống trước khi thả, thả với mật độ vừa phải, quản lý tốt môi trường nước ao đảm bảo các thông số kỹ thuật, hạn chế tảo lam phát triển, thăm thường xuyên để phát hiện bệnh sớm để có hướng điều trị. Cần diệt hết các loại giáp xác trong ao và không cho tôm ăn hến sống, sử dụng các chế phẩm EM, Vitamin, khoáng chất định kỳ để tăng cường sức đề kháng của tôm và cải thiện chất lượng nước nuôi.